Après avoir connu le succès toutes-catégories avec les 917 et 936 dans les années 1970, avec les 936, 956 et 962C lors de la décennie suivante, et enfin avec les très différentes Dauer, TWR-Joest et 911 GT1 dans les années 1990, la première décennie du 21ème siècle a vu Porsche être relayé par Audi au sommet du palmarès des 24 Heures du Mans. Les victoires Audi, interrompues seulement par un succès Bentley (2003) puis Peugeot (2009) n’en ont pas pour autant signifié l’absence de Porsche au Mans.
De 2000 à 2009 (et jusqu'en 2013), la marque s'est surtout concentrée sur la catégorie GT avec les 911 GT3 R, RS puis RSR propulsées par des moteurs atmosphériques et engagées par des équipes privées. Certaines de ces équipes avaient tout de même une forte connotation officielle, à l’image du Manthey Racing dont les 911 GT3 R ont été en lice pour la victoire en GT de 1999 à 2005. En 2000, la classe LM GT2 était composée uniquement de Porsche 911 GT3 R et GT3, engagées par des équipes venues tantôt de la série IMSA aux États-Unis, ou roulant dans les championnats européens d’Endurance.
Tandis que les Audi R8 puis leurs héritières turbodiesel alignaient les victoires, souvent avec Tom Kristensen comme pilote, les changements mineurs de réglementation au fil des ans n’ont jamais altéré l’intérêt pour la catégorie GT. Tout spectateur des 24 Heures du Mans dans ces années-là le confirmera : ce furent souvent les GT (classe GTS et GT) qui ont offert les plus belles batailles de la course, dans les années 2000.
En 2001 notamment, la pluie était une fois de plus au rendez-vous et seulement 20 des 48 partants ont atteint la ligne d'arrivée, dont huit 911 GT3 RS. Il faut dire que l’hécatombe survenue en début de course dans les rangs des prototypes, avec de multiples sorties de route, avait ouvert une voie royale vers le Top 10 pour les "petites" GT. Les meilleurs équipages Porsche étaient à la fête et le Seikel Motorsport se retrouva ainsi en 6ème position du classement général, 2 places devant la Corvette du Canadien Ron Fellows et ses équipiers, pourtant vainqueurs de la catégorie GTS !
Quatre 911 GT3 RS, des modèles proches de la série, terminèrent ce marathon parmi les 10 premiers. L’année suivante, la hiérarchie fut mieux respectée, avec les prototypes et les GTS nettement devant les GT. Mais c’est encore une 911 GT3 RS qui remporta sa catégorie, cette fois au terme d’un spectaculaire duel inter-marque entre le Freisinger Motorsport et le Racer's Group, de Kevin Buckler. Un monsieur qui a la faculté de négocier un commanditaire depuis le muret de la ligne des puits tout en donnant l’ordre à son pilote de rentrer pour un ravitaillement. Parfois, la stratégie échoue (pour le pilote en tout cas !) mais au Mans en 2001, c’est bien son équipe qui gagna la catégorie. À l’arrivée, le trio composé de Buckler lui-même et ses coéquipiers au palmarès bien garni (Timo Bernhard et Lucas Luhr) l’emporta avec une avance d'une minute sur ses plus proches rivaux.
Lucas Luhr et Porsche allaient récidiver en 2003, cette fois avec le Alex Job Racing comme équipe gagnante et toujours la 911 GT3 RS, qui disposait d’un moteur plus léger, 15 chevaux supplémentaires par rapport à 2002 et une aérodynamique modifiée. Luhr avait pour équipiers Emmanuel Collard et Sascha Maasen.
En 2004 (photo ci-dessus) et 2005, ce sont de nouveau des équipes américaines qui firent triompher Porsche en GT. 2006 fut différent. Tout d’abord, ce fut le premier succès toutes-catégories d’un prototype à moteur turbodiesel, avec l’Audi R10, tandis qu’en GT, Porsche concédait la victoire au profit d’une jeune marque américaine : Panoz. Le gain d’une Esperante GT était révélateur de l’intérêt grandissant des manufacturiers de voitures de sport pour la catégorie, rebaptisée depuis 2005 GT2. En 2007, il y avait au départ 13 voitures de cinq marques différentes en classe GT2, dont quatre 911 (997) GT3 RSR. Le moteur atmosphérique de 3,8 litres, avec les restricteurs d'air obligatoires, permettait à la machine allemande de délivrer 465 chevaux pour un poids minimum de 1 225 kilos.
Porsche renoua avec la victoire cette année-là, grâce à l’équipe française IMSA Performance. L’année suivante, Ferrari gagna cette 76ème édition de la classique d’Endurance. En GT2 tout au moins. La première 911 se classa 5ème mais pour la marque, l’intérêt de ces 24 Heures était ailleurs : Porsche était de retour en prototypes ! Pas encore dans la catégorie LMP1 pour jouer la victoire toutes-catégories mais en LMP2, avec les petites et efficaces RS Spyder. Défavorisées par le règlement du Mans, ces voitures, engagées en IMSA par le Team Penske, rivalisèrent durant deux saisons complètes pour la victoire aux 12 Heures de Sebring et ailleurs. Au Mans en 2008, l’équipe hollandaise Van Merksteijn, avec parmi ses pilotes Jos Verstappen (ancien pilote Benetton F1 et père du pilote actuel de Red Bull F1, Max Verstappen), remporta tout de même sa catégorie.
La décennie 2000 s’acheva par un nouveau gain de Porsche en LMP2, cette fois grâce à l’équipe danoise Essex (aucun lien avec le commanditaire des prototypes 936 en 1979 !). En GT2, aucune des cinq 997 GT RSR ne fut classée.