La situation économique mondiale est devenue plus sombre à la fin des années 1980 et au début des années 90. Le dollar américain a perdu de sa valeur. Chez Porsche, les ventes des voitures de sport stagnent. Le programme IndyCar et la motorisation de McLaren en F1 (financée par le groupe TAG) sont arrêtés et le mandat donné au département Recherches et Développement à partir de 1989 est clair : revenir en Endurance lors de la reprise économique avec une voiture basée sur l’aspect extérieur de la mythique 911.

En 1991, Mazda devenait le premier manufacturier asiatique à gagner les 24 Heures du Mans (Porsche n’y était plus représenté que par quelques vieillissantes 962), alors que le célèbre circuit français avait vu l’année précédente sa longue ligne droite des Hunaudières (6,2 des 13,6 km du circuit) être coupée par deux chicanes. Il faut dire qu’en 1988 un prototype WM-Peugeot avait atteint les 405 km/h, en course, sur cette portion du circuit et en 1989 les Sauber-Mercedes avaient été captées à 416 km/h aux essais libres. Trop dangereux pour la Fédération Internationale, les chicanes s’imposaient.

Le plateau demeurait relevé en Endurance au début des années 1990, ce qui n’empêcha pas la Porsche 962C du Joest Racing, pilotée par Hans Stuck et Bob Wollek, de finir 3ème en 1990. Mais avec le changement progressif de la réglementation, le Groupe C alalit être remplacé par les prototypes 3,5 litres. De quoi plaire à Peugeot et Toyota... et mettre à terre la discipline en deux ans. Les Groupe C, très pénalisées (les dernières 962 devaient peser 1000 kilos quand elles avaient été conçues pour performer à 820 !), disparurent alors, tout comme les éphémères prototypes 3,5 peu après (Peugeot gagna néanmoins les éditions 1992 et 93 avec ses 905), de sorte que les GT furent de nouveau admises, pour combler la grille de départ d’abord, pour viser la victoire ensuite.

En 1994, deux presqu’anonymes Dauer-Porsche 962 étaient ainsi inscrites, en classe… GT ! Le préparateur et ex-pilote Jochen Dauer avait en effet fait homologuer une version de route de la 962, en vente en Europe. Les ingénieurs de Porsche constatèrent que cette voiture ferait une parfaite candidate à la victoire face aux prototypes Toyota et autres GT ! Le Joest Racing engagea les voitures et à l’arrivée de ces 24 Heures du Mans 1994, la Dauer-Porsche 962 LM pilotée par Hurley Haywood, Mauro Baldi et Yannick Dalmas triomphait avec un tour d’avance sur la Toyota d’Eddie Irvine, Jeff Krosnoff et Mauro Martini. Une 13ème victoire Porsche, assurément l’une des plus surprenantes.

En 1995, les espoirs Porsche reposaient sur l’équipe privée Courage Compétition. Avec son propre châssis et un moteur de 962C, cette dynamique écurie française s’était payé les services de Mario Andretti, Éric Hélary et Bob Wollek. Rien de moins ! Mais pour une seconde année de suite, cette fois sous la pluie durant 21 des 24 heures, une GT battit un proto. En 1995, c’est McLaren qui récolta les lauriers avec une F1 GTR engagée par une pseudo équipe japonaise mais en réalité couvée par l’usine. Mario Andretti venait ainsi de manquer l’occasion de devenir le premier pilote après Graham Hill à gagner à la fois Le Mans, l’Indy 500 et le titre mondial de F1.

1996 marque un tournant pour Porsche au Mans, l'équipe d'usine inscrivant la première 911 à moteur central. Le succès fut immédiat avec la deuxième et la troisième place du classement général. Toutefois, les 911 GT1 subirent la loi du Joest Racing, devenu en quelque sorte adversaire avec ses prototypes Porsche à cockpit ouvert. Curieuse machine que cette TWR Joest Porsche (photo ci-dessus). À l’origine, ce devait être un "produit" du groupe TWR (Tom Walkinshaw Racing) pour devenir une Jaguar destinée à l’ancienne réglementation 3.5 litres. Puis le groupe TWR céda les plans à Porsche qui révisa le tout et construisit deux modèles destinés au championnat IMSA. Mario Andretti en assura le développement avant que tout ne soit arrêté au profit du programme 911 GT1. Reinhold Joest acheta alors les deux autos, les engagea au Mans… et battit les 911 GT1 de l’usine Porsche deux années de suite !

En 1996, c’est le trio composé de Davy Jones, Manuel Reuter et Alexander Wurz qui l’emporta, imité l’année suivante par le jeune Tom Kristensen, qui allait par la suite devenir le détenteur du record de victoires au Mans, associé à Michele Alboreto et Stefan Johansson. Deux gains qui contrecarraient fortement les ambitions de Porsche pour ses 911 GT1.

L’équipe officielle semblait pourtant promise à la victoire en 1997 mais après que Bob Wollek soit sorti de route alors qu’il menait la course le dimanche matin, c’est une conduite d'huile coupée qui entraîna l’incendie de la seconde 911 GT1 à moins de 3 heures de l’arrivée.

C’est finalement en 1998 que l’équipe d’usine parvint à gagner au Mans avec la 911 GT1. Représentée par quatre solides équipes et 6 voitures au total, Porsche décrocha le doublé à l’occasion de son 50ème anniversaire. Après cette victoire, et celle du trio de pilotes Allan McNish-Laurent Aïello-Stéphane Ortelli, Porsche n’allait plus jouer la victoire toutes-catégories au Mans. Le règne d’Audi débutait, après un bref intermède BMW (victoire d’un prototype V12 LMR lors d’une édition 1999 marquée par l’envol des Mercedes !)…